Facturation électronique : quel impact sur la gestion des notes de frais ?

À partir du 1er septembre 2026, la réforme de la facturation électronique va profondément transformer les processus comptables des entreprises. Si l’attention se porte souvent sur les factures fournisseurs et clients, un autre sujet mérite toute votre attention : la gestion des notes de frais.

Repas, déplacements, hébergements, indemnités kilométriques… Ces dépenses professionnelles continueront d’exister, mais leur traitement devra désormais s’intégrer au nouveau cadre de la facturation électronique. Selon le type de justificatif présenté par le salarié, les règles applicables seront différentes.

Alors, quelles sont les conséquences de la réforme sur les notes de frais ? Comment adapter vos processus pour éviter les erreurs et les doublons. Les réponses dans notre article.

Pourquoi les notes de frais sont-elles concernées par la réforme de la facture électronique ?

Les notes de frais constituent un cas particulier. Dans ce schéma, le salarié avance une dépense professionnelle auprès d’un fournisseur avant d’être remboursé par son entreprise.

On parle alors de tiers payeur : le salarié effectue le paiement, mais c’est bien l’entreprise qui supporte la dépense et, lorsque la réglementation le permet, récupère la TVA.

La réforme de la facturation électronique ne modifie pas ce principe, mais elle change la manière dont les justificatifs devront être traités.

Notes de frais : les 3 cas à connaître avec la facturation électronique

Selon le type de justificatif, trois situations se présentent :

• Facture au nom de l’entreprise : la dépense entre dans le cadre de l’e-invoicing. La facture est émise électroniquement et transmise via une Plateforme Agréée.
• Facture au nom du salarié : la transaction est considérée comme une opération B2C. Le fournisseur transmet les données via e-reporting, sans facture électronique.
• Ticket de caisse uniquement : le justificatif reste traité dans le circuit classique des notes de frais.

Cas pratiques : quelles dépenses sont concernées ?

Voici les principaux cas rencontrés en entreprise :

À retenir : le changement majeur concerne les dépenses donnant lieu à une facture au nom de l’entreprise, qui deviennent automatiquement des factures électroniques intégrées dans les outils comptables.

Deux circuits de traitement à faire coexister

À partir de septembre 2026, les entreprises devront gérer simultanément deux flux.

Le circuit classique des notes de frais

Il concernera :

• les factures au nom du salarié ;
• les tickets de caisse ;
• les autres justificatifs non soumis à l’e-invoicing.

Ces documents continueront d’être traités dans votre solution de gestion des notes de frais.

Le circuit de facturation électronique

Les factures établies au nom de l’entreprise suivront quant à elles le circuit de la facturation électronique via votre Plateforme Agréée.

L’un des principaux défis sera d’éviter qu’une même dépense soit traitée deux fois :

• une première fois dans la solution de notes de frais ;
• une seconde fois lors de la réception automatique de la facture électronique.

Sans contrôle adapté, le risque de doublon est réel.

Comment éviter les doublons et automatiser les traitements ?

Pour sécuriser les processus, les entreprises devront mettre en place :

• une identification automatique des factures reçues via la Plateforme Agréée ;
• une synchronisation avec la solution de notes de frais ;
• des règles de rapprochement et de non-duplication ;
• une sensibilisation des collaborateurs sur les justificatifs à transmettre.

L’objectif est clair : zéro double remboursement, zéro ressaisie, et une comptabilité fiabilisée.

Dans ce contexte, les plateformes de gestion financière nouvelle génération permettent d’aller plus loin en automatisant ces rapprochements. Des solutions comme Pennylane facilitent la centralisation des flux (factures, notes de frais, comptabilité) et réduisent fortement les tâches manuelles.

Quel impact sur la récupération de la TVA ?

La réforme ne remet pas en cause le droit à déduction de la TVA sur les dépenses professionnelles.

En revanche, elle impose une traçabilité renforcée.

Les entreprises devront notamment :

• conserver les justificatifs en cas de contrôle fiscal ou URSSAF ;
• vérifier les données préremplies dans les outils comptables ;
• corriger, si nécessaire, certaines informations relatives à la TVA ;
• garantir la qualité des données issues des notes de frais.

Une gestion rigoureuse devient donc indispensable.

Quel est le rôle de la Plateforme Agréée ?

Toutes les entreprises devront choisir une Plateforme Agréée avant le 1er septembre 2026 afin de recevoir, et selon les cas d’usage, d’émettre leurs factures électroniques.

Dans le cadre des notes de frais, cette plateforme devra être capable de :

• recevoir les factures électroniques adressées à l’entreprise ;
• gérer les situations où le salarié est tiers payeur ;
• transmettre les données d’e-reporting lorsque cela est nécessaire ;
• s’interfacer avec votre solution de gestion des notes de frais et votre logiciel comptable.

L’enjeu ne se limite pas au respect de la réglementation. La Plateforme Agréée doit s’intégrer naturellement avec les outils de gestion financière afin d’automatiser les traitements et d’éviter les ressaisies. Les solutions de nouvelle génération, comme Pennylane, permettent de connecter la comptabilité, les achats, les notes de frais et la facturation électronique dans un environnement unique, offrant ainsi un pilotage plus fluide et plus fiable.

En bref

La RFE 2026 ne concerne pas uniquement les factures clients et fournisseurs. Elle impacte également la gestion des notes de frais, qui devra désormais s’intégrer à un écosystème plus connecté.

Cette réforme majeure est l’occasion de moderniser votre gestion financière, bien au-delà de la simple mise en conformité.

Publié le 19/06/2026